多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)
時(shí)間:2020-07-17 08:00 至 2020-07-19 18:00
地點(diǎn):線上活動(dòng)
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- 會(huì)議介紹
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線上活動(dòng)站
2020-11-20
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線上活動(dòng)站
2020-07-17
多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì) 已過期會(huì)議時(shí)間:2020-07-17 08:00至 2020-07-19 18:00結(jié)束 會(huì)議地點(diǎn): 線上活動(dòng) 詳細(xì)地址會(huì)前通知 會(huì)議規(guī)模:暫無 主辦單位: 醫(yī)藥加科研培訓(xùn)中心 上海遐永醫(yī)藥科技 上海遐錦生物科技有限公司
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會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容 主辦方介紹
多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)宣傳圖
?多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)
醫(yī)藥加ZOOM網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室 2020年7月17-19日(兩天兩晚)
【背景介紹】
2019年度國家自然基金醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)目,批助金額總計(jì)441310萬元。這些項(xiàng)目中大部分都與編碼基因有直接或間接的關(guān)聯(lián)。其中,與通路(pathway)關(guān)聯(lián)的有1349項(xiàng),金額4.89億;與miRNA相關(guān)的有630項(xiàng),金額2.3億;與lncRNA相關(guān)的有395項(xiàng),金額1.45億,與甲基化相關(guān)的有213項(xiàng),金額8748萬,與突變相關(guān)的有190項(xiàng),金額7410萬;?
如何獲得有創(chuàng)新意義的疾病靶標(biāo)基因(mRNA,Protein,lncRNA,circRNA,miRNA,Mutation等)是項(xiàng)目申請(qǐng)及文章寫作時(shí)最常見的問題。
目前,多組學(xué)整合分析是一個(gè)非常熱門且創(chuàng)新的方向。通過多組學(xué)整合分析我們可以更加快速、準(zhǔn)確的找到與研究方向關(guān)聯(lián)的biomarks。它的核心原理是期望通過高通量數(shù)據(jù),找到所有基因在不同組學(xué)水平中的變化并進(jìn)行分析,獲得關(guān)鍵基因在各個(gè)組學(xué)都有顯著作用。
多組學(xué)整合分析的原始數(shù)據(jù)來源有兩種:(1)自己采集樣本做高通量測(cè)序/芯片/質(zhì)譜等;(2)使用公共數(shù)據(jù)庫中的組學(xué)數(shù)據(jù)(比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等)。
【主要內(nèi)容】詳細(xì)內(nèi)容見下文日程表
1.多組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫;
2.多組學(xué)分析常用軟件和工具;
3.教授對(duì)應(yīng)的圖片制作方法(包含但不限于聚類熱圖、火山圖、富集分析圖、Venn圖、pathwaymap)
【會(huì)議預(yù)期】
通過三天的學(xué)習(xí),了解多組學(xué)整合分析思路對(duì)項(xiàng)目及文章的幫助,以及實(shí)操常見的數(shù)據(jù)庫、在線工具和本地軟件。使得學(xué)員可以自己完成一個(gè)完整的分析報(bào)告并獲得疾病相關(guān)的靶標(biāo)基因。
【講師簡(jiǎn)介】
宋偉博士
成果:參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專利的撰寫和申請(qǐng);肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫的分析和構(gòu)建;完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無創(chuàng)唐篩流程的開發(fā)。
研究方向:有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn),擅長方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等,精通perl、R等編程語言。
培訓(xùn)經(jīng)歷:在上海、北京、廣州、沈陽、南京等城市舉辦過幾十場(chǎng)培訓(xùn)班。
主辦方:上海循掘生物科技中心
會(huì)議時(shí)間:2020年7月17-19日(兩天兩晚)
17日 19:00-20:00
18日 8:30-18:00 及19:00-20:00
19日 8:30-17:30
會(huì)議地點(diǎn):醫(yī)藥加ZOOM網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室
說明:研討會(huì)使用專業(yè)會(huì)議軟件ZOOM,需提前安裝好
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舉辦了2018腸道菌群與代謝組學(xué)國自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專題會(huì)議(12月北京班) 2019臨床預(yù)測(cè)模型構(gòu)建與基于R語言統(tǒng)計(jì)分析學(xué)習(xí)班(01.05-01.06北京班) 2019全國循證醫(yī)學(xué)Meta分析及網(wǎng)狀Meta三天精講學(xué)習(xí)班(1月北京班) 第10期測(cè)序與芯片高通量數(shù)據(jù)挖掘與分析學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) 2019腸道菌群與代謝組學(xué)國自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專題會(huì)議(1月上海班) 2019國自然基金標(biāo)書構(gòu)思與撰寫學(xué)習(xí)班(1月上海班) TCGA,GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘?qū)n}學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) 第8期醫(yī)學(xué)SCI論文寫作及發(fā)表技巧學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) ......
上海遐永醫(yī)藥科技南京巴傲得生物科技有限公司(Biogottechnology,co,Ltd),是專一服務(wù)于生命科學(xué)研究的專業(yè)技術(shù)型企業(yè)。是一大批志同道合的資深專業(yè)人士共同創(chuàng)辦的具有現(xiàn)代化經(jīng)營管理水平的生物高科技企業(yè),從事生物技術(shù)產(chǎn)品的開發(fā)及銷售,致力于將巴傲得生物打造成中國乃至世界一流的生物技術(shù)產(chǎn)品供應(yīng)商。巴傲得生物長期備有Bioworld抗體現(xiàn)貨4000多種抗體可以在一周左右送到客戶的手里。精湛品質(zhì)、合理價(jià)格、專業(yè)服務(wù),是我們?yōu)槟?wù)的宗旨。在細(xì)胞信號(hào)通路、免疫學(xué)、蛋白組學(xué)上擁有顯著優(yōu)勢(shì),其抗體產(chǎn)品、生長因子等為生命科學(xué)科研工作者提供了極大的便利。
上海遐錦生物科技有限公司上海遐錦生物科技有限公司于2019年11月29日舉辦全國循證醫(yī)學(xué)Meta分析與網(wǎng)狀Meta研討會(huì)2019(11月上海班)會(huì)議。
會(huì)議日程 (最終日程以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn))
?【會(huì)議日程】
日期 | 時(shí)間 | 大綱 | 詳細(xì)內(nèi)容 |
第一天晚上 | 19:00-21:00 | 第1節(jié):組學(xué)簡(jiǎn)介及生信概述 | 2019年國自然中組學(xué)相關(guān)項(xiàng)目解讀 |
組學(xué)原始數(shù)據(jù)的來源及質(zhì)量判斷 | |||
高通量:測(cè)序及芯片介紹——不同組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、順反組學(xué)、宏基因組學(xué)等。 | |||
文獻(xiàn)案例解讀 | |||
21:00-22:00 | 第2節(jié):軟件安裝 R包安裝 | R簡(jiǎn)介及R包安裝 R基礎(chǔ)講解 R函數(shù) R包 | |
第二天及晚上 | 8:30- 10:30 | 第3節(jié):組學(xué)公共數(shù)據(jù)庫 | TCGA數(shù)據(jù)庫:最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(簡(jiǎn)介)及數(shù)據(jù)下載 |
GEO數(shù)據(jù)庫的高通量數(shù)據(jù)查找、篩選、數(shù)據(jù)下載 | |||
EBI數(shù)據(jù)庫的高通量數(shù)據(jù)查找、篩選、數(shù)據(jù)下載 | |||
GEO2R工具使用 | |||
10:30-10:45 | 休息 | ||
10:45-12:00 | 第4節(jié):轉(zhuǎn)錄組差異基因篩選及功能富集分析 | 計(jì)算差異基因 -R limma包 或Excel公式 | |
主成分分析(PCA)圖制作 | |||
聚類熱圖(heatmap)的制作——R pheatmap包 | |||
火山圖(volcanoPlot)——R ggplot2包 或 Excel制作 | |||
箱式圖(代碼 或無代碼制作) | |||
R clusterProfiler包富集分析 | |||
基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 | |||
功能富集分析 柱狀圖、條形圖、氣泡圖、餅狀圖的R代碼及Excel制作 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30-17:30 | 第5節(jié):多組學(xué)數(shù)據(jù)與臨床預(yù)后分析 | 基因突變分析工具——cbioportal | |
在線預(yù)后分析工具——Ualcan | |||
本地生成KM曲線圖——R survival包 | |||
相關(guān)性分析及散點(diǎn)圖制作 | |||
17:30-19:00 | 晚餐 | ||
19:00-22:00 | 第6節(jié):轉(zhuǎn)錄組與蛋白組整合分析 | Venn 圖制作 | |
蛋白與蛋白互作關(guān)系預(yù)測(cè)——STRING工具 | |||
網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建與美化——cytoscape軟件 | |||
轉(zhuǎn)錄組與蛋白組整合關(guān)聯(lián)分析思路文章實(shí)現(xiàn) | |||
第三天 | 8:30-10:00 | 第7節(jié):蛋白組與代謝組整合分析 | 代謝物功能富集分析——metaboanalyst工具 |
KEGG 數(shù)據(jù)庫介紹及使用 | |||
pathway map制作 | |||
蛋白組與代謝組整合分析思路文章實(shí)現(xiàn) | |||
10:00-10:15 | 休息 | ||
10:15-12:00 | 第8節(jié):全轉(zhuǎn)錄組整合分析 | 各類RNA簡(jiǎn)介及ceRNA介紹 | |
miRNA測(cè)序報(bào)告解讀 | |||
circRNA測(cè)序報(bào)告解讀 | |||
miRNA分析工具 | |||
lncRNA分析工具 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30-15:30 | 第9節(jié):其他組學(xué)整合思路 | 腸道菌群宏基因組與代謝組 | |
表觀組與轉(zhuǎn)錄組整合 | |||
15:30-15:45 | 休息 | ||
15:45-16:00 | 總結(jié) | 總結(jié)及答疑 |
?
通過本次研討會(huì),您將學(xué)會(huì)以下作圖:
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會(huì)議嘉賓
參會(huì)指南
會(huì)議門票
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn):會(huì)務(wù)費(fèi):3200元/人
優(yōu)惠政策:
1.提前確認(rèn)報(bào)名及轉(zhuǎn)賬的,可以提前拿到學(xué)習(xí)材料
2.三人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠100元
3.四人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠200元,
4.六人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi),可免1人會(huì)務(wù)費(fèi)!?
可以開正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票,紙質(zhì)邀請(qǐng)函(蓋紅章)。?
注意事項(xiàng):必須攜帶win10以上系統(tǒng)的電腦,現(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio。
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溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動(dòng)延期或取消,建議“異地客戶”與活動(dòng)家客服確認(rèn)參會(huì)信息后,再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動(dòng)各項(xiàng)資源需提前采購,購票后不支持退款,可以換人參加。
您可能還會(huì)關(guān)注
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會(huì)員折扣
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