臨床生信公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)挖掘與可視化及文章套路研討會(huì)2024年2月線上班已過(guò)期
推薦參加：2024年政府采購(gòu)全流程及案例專(zhuān)題培訓(xùn)?？?1月班

會(huì)議時(shí)間：2024-02-02 09:00至 2024-02-04 18:00結(jié)束

會(huì)議地點(diǎn)：線上活動(dòng) 詳細(xì)地址會(huì)前通知

會(huì)議規(guī)模：暫無(wú)

主辦單位：上海統(tǒng)循會(huì)務(wù)咨詢(xún)有限公司

發(fā)票類(lèi)型：增值稅普通發(fā)票增值稅專(zhuān)用發(fā)票

行業(yè)熱銷(xiāo)熱門(mén)關(guān)注看了又看換一換

會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容主辦方介紹

臨床生信公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)挖掘與可視化及文章套路研討會(huì)2024年2月線上班宣傳圖

臨床生信公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)挖掘與可視化及文章套路研討會(huì)

2024年2月2-4日騰訊網(wǎng)絡(luò)會(huì)議

背景簡(jiǎn)介：

隨著后基因組時(shí)代生信分析方法的不斷完善和創(chuàng)新，臨床與生信的關(guān)聯(lián)越來(lái)越密切。我們可以通過(guò)高通量數(shù)據(jù)快速、準(zhǔn)確、創(chuàng)新的篩選到自己課題方向相關(guān)的關(guān)鍵靶標(biāo)以及機(jī)制。高通量數(shù)據(jù)來(lái)源廣泛，總體分成兩類(lèi)：（1）采集樣本進(jìn)行測(cè)序（自有數(shù)據(jù)）；（2）公共數(shù)據(jù)庫(kù)中免費(fèi)下載高通量數(shù)據(jù)。

公共數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)樣本量大，免費(fèi)而且選擇范圍廣。常見(jiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)有TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)和NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，里面含有大量的不同研究方向的樣本高通量數(shù)據(jù)。

癌癥是臨床醫(yī)學(xué)中非常重要的疾病方向。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了常見(jiàn)了40種癌癥方向的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。大家對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用近幾年也在逐漸增加！另外，其他疾病的研究可以通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行。

本次培訓(xùn)不僅僅要大家了解多種不同的生信分析思路，學(xué)會(huì)TCGA & GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)操作，比如 數(shù)據(jù)篩選，下載，差異分析，功能通路分析，預(yù)后分析等等，還有復(fù)雜的預(yù)后模型構(gòu)建篩選風(fēng)險(xiǎn)基因的實(shí)操內(nèi)容?？梢哉f(shuō)是基礎(chǔ)分析與高級(jí)分析并存。

培訓(xùn)班針對(duì)生信0基礎(chǔ)的學(xué)員進(jìn)行教學(xué)，包教包會(huì)。

講師簡(jiǎn)介：宋偉博士

成果：參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專(zhuān)利的撰寫(xiě)和申請(qǐng)；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫(kù)的分析和構(gòu)建；完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無(wú)創(chuàng)唐篩流程的開(kāi)發(fā)。

研究方向：有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn)，擅長(zhǎng)方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等，精通perl、R等編程語(yǔ)言。

培訓(xùn)經(jīng)歷：在上海、北京、廣州、沈陽(yáng)、南京等城市舉辦過(guò)幾十場(chǎng)培訓(xùn)班。

主辦方：上海統(tǒng)循會(huì)務(wù)咨詢(xún)有限公司

會(huì)議時(shí)間：2024年2月2-4日（2天1晚）

第1天晚上19:00-22:00（線上）

第2、3天白天9:00-18:00

會(huì)議地點(diǎn)：線上：騰訊網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室

會(huì)務(wù)費(fèi)用：3200元/人

優(yōu)惠政策：

1.提前確認(rèn)報(bào)名及轉(zhuǎn)賬的，可以提前拿到學(xué)習(xí)材料

2.三人組團(tuán)報(bào)名，每人優(yōu)惠100元

3.四人組團(tuán)報(bào)名，每人優(yōu)惠200元，

4.六人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi)，可免1人參會(huì)費(fèi)！

可以開(kāi)正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票，紙質(zhì)邀請(qǐng)函（蓋紅章）。

注意事項(xiàng)：使用win7以上系統(tǒng)的電腦，現(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。

另外需安裝騰訊會(huì)議軟件。

詳細(xì)日程參見(jiàn)日程表

TCGA&GEO數(shù)據(jù)分析及癌癥預(yù)后模型構(gòu)建靶標(biāo)篩選日程
時(shí)間安排		大綱	詳細(xì)內(nèi)容
第一天晚上	19:00~20:30	生信與臨床關(guān)聯(lián)，以及文獻(xiàn)解讀	生物信息介紹，與臨床的密切關(guān)聯(lián)；國(guó)自然前期基礎(chǔ)研究中生信的作用。
			高通量：測(cè)序及芯片介紹——不同組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、順?lè)唇M學(xué)、宏基因組學(xué)等。
			經(jīng)典生信SCI文章的解讀，了解TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)、GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)這些公共數(shù)據(jù)的挖掘獲得創(chuàng)新結(jié)論并發(fā)文章的思路。
	20:45-22:00	R語(yǔ)言學(xué)習(xí)	R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。 R語(yǔ)言基礎(chǔ)：元素、向量、矩陣、數(shù)組 R語(yǔ)言函數(shù)：計(jì)算函數(shù)、統(tǒng)計(jì)函數(shù)等 R語(yǔ)言路徑確認(rèn)及修改 R語(yǔ)言文件（圖、表）的導(dǎo)入和導(dǎo)出 R語(yǔ)言包：常見(jiàn)R包的下載安裝方法

第二天	9:00~ 10:20	TCGA數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)	TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)：最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(kù)(簡(jiǎn)介) TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和使用（包含了轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀組和臨床信息數(shù)據(jù)） GEO數(shù)據(jù)庫(kù)介紹：數(shù)據(jù)量最大的高通量公共數(shù)據(jù)庫(kù)。 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的高通量芯片數(shù)據(jù)查找、篩選、探針轉(zhuǎn)換、差異分析等。
	茶歇
	10:30~12:00	TCGA相關(guān)的下載工具	TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)下載：RNA-seq數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)的下載 TCGA數(shù)據(jù)書(shū)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)的處理，獲得關(guān)鍵mRNA、miRNA的表達(dá)譜矩陣。
	午飯休息
	13:30~15:20	差異分析及作圖	GEO2R工具 R語(yǔ)言：差異分析limma包使用、火山圖制作
	茶歇
	15:30~17:30	數(shù)據(jù)的后續(xù)高級(jí)分析工具實(shí)戰(zhàn)	聚類(lèi)熱圖制作 R語(yǔ)言pheatmap包做聚類(lèi)熱圖 DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

第三天	9:00~ 10:20	蛋白互作分析及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建美化	蛋白與蛋白互作分析（PPI）——STRING數(shù)據(jù)庫(kù)
			cytoscape軟件：網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建及網(wǎng)絡(luò)拓補(bǔ)學(xué)分析篩選關(guān)鍵hub基因
	茶歇
	10:30~12:00	癌癥預(yù)后模型構(gòu)建R語(yǔ)言實(shí)操	單因素及多因素cox回歸分析
			LASSO回歸分析篩選特征因子基因
			生存預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型效能評(píng)估和比較分析
			獨(dú)立生存預(yù)后因素的生存率模型的構(gòu)建
	午飯休息
	13:30~15:20	TCGA相關(guān)的在線分析工具實(shí)操	TCGA數(shù)據(jù)分析——突變分析、差異分析、關(guān)聯(lián)分析、生存分析、miRNA調(diào)控靶基因分析等。 Cbioportal數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí) Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí) GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)
	茶歇
	15:35~17:00	思路討論	基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)多套數(shù)據(jù)整合（meta）分析思路
			基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉(zhuǎn)錄組整合分析思路
			基于TCGA的甲基化與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路
			基于TCGA的基因組與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路
		串講	實(shí)操大串講
備注：講師基于windows系統(tǒng)講解，請(qǐng)盡量使用windows電腦參加

通過(guò)本次學(xué)習(xí)，您可以學(xué)會(huì)以下作圖（包括但不限于）