????章節(jié)

???內(nèi) 容

生物信息學(xué)介紹?

生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動態(tài)

序列的比對

1、全局比對 ?Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比對 ?Blast, Sim4,Genewise

3、序列比對算法分析

基因組/基因注釋分析

1、新一代測序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹

2、基因組拼接與組裝

基因組de novo組裝方法

重復(fù)序列分析技術(shù)

3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA干擾，SiRNA預(yù)測技術(shù)
4、基因預(yù)測
原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus
5、 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫介紹

基因組學(xué)研究概述

1、structural genomics: 結(jié)構(gòu)基因組學(xué)

2、functional genomics: 功能基因組學(xué)

3、Drug discovery: 藥物研發(fā)

4、Personalized medicine：個性化、精細醫(yī)療

DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進化

1、第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理

2、第二代測序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代測序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理

4、第四代測序技術(shù): Oxford NanoPore原理

5、其他技術(shù)Hybridization based methods (NabSys)

Experimental ??procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis ?（part 1）：data pre-processing

evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3?Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

Data analysis （part 2）：reference free analyses（無參轉(zhuǎn)錄組分析）

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,?gene expression profiles.

使用R語言進行生物信息學(xué)相關(guān)的分析

使用R語言相關(guān)的包對轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測序數(shù)據(jù)進行差異表達、富集分析等。

生物信息學(xué)專業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運用R語言進行實現(xiàn)

基因組可視化軟件circos的使用

使用circos繪制基因組圈圖

生物信息學(xué)專業(yè)常用工具及繪圖方法

應(yīng)用生物信息常用的工具進行專業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換；

學(xué)BioEdit、WeGO等常用生物學(xué)專業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換