多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)2021年6月線上及上海培訓(xùn)班
時(shí)間:2021-06-18 09:00 至 2021-06-20 18:00
地點(diǎn):北京
- 參會(huì)報(bào)名
- 會(huì)議介紹
- 會(huì)議日程
- 會(huì)議嘉賓
- 參會(huì)指南
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多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)2021年6月線上及上海培訓(xùn)班 已過期會(huì)議時(shí)間:2021-06-18 09:00至 2021-06-20 18:00結(jié)束 會(huì)議地點(diǎn): 北京 中興和泰酒店 上海 浦東新區(qū) 張江高科技園區(qū)科苑路866號(hào) 會(huì)議規(guī)模:暫無 主辦單位: 上海遐錦生物科技有限公司
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會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容 主辦方介紹
多組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)2021年6月線上及上海培訓(xùn)班宣傳圖
組學(xué)數(shù)據(jù)整合挖掘與分析(網(wǎng)絡(luò))研討會(huì)
2021年6月18-20日 ?騰訊會(huì)議網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室/中興和泰酒店
【背景介紹】
2019年度國(guó)家自然基金醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)目,批助金額總計(jì)441310萬元。這些項(xiàng)目中大部分都與編碼基因有直接或間接的關(guān)聯(lián)。其中,與通路(pathway)關(guān)聯(lián)的有1349項(xiàng),金額4.89億;與miRNA相關(guān)的有630項(xiàng),金額2.3億;與lncRNA相關(guān)的有395項(xiàng),金額1.45億,與甲基化相關(guān)的有213項(xiàng),金額8748萬,與突變相關(guān)的有190項(xiàng),金額7410萬;?
如何獲得有創(chuàng)新意義的疾病靶標(biāo)基因(mRNA,Protein,lncRNA,circRNA,miRNA,Mutation等)是項(xiàng)目申請(qǐng)及文章寫作時(shí)最常見的問題。
目前,多組學(xué)整合分析是一個(gè)非常熱門且創(chuàng)新的方向。通過多組學(xué)整合分析我們可以更加快速、準(zhǔn)確的找到與研究方向關(guān)聯(lián)的biomarks。它的核心原理是期望通過高通量數(shù)據(jù),找到所有基因在不同組學(xué)水平中的變化并進(jìn)行分析,獲得關(guān)鍵基因在各個(gè)組學(xué)都有顯著作用。
多組學(xué)整合分析的原始數(shù)據(jù)來源有兩種:(1)自己采集樣本做高通量測(cè)序/芯片/質(zhì)譜等;(2)使用公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的組學(xué)數(shù)據(jù)(比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等)。
【主要內(nèi)容】詳細(xì)內(nèi)容見下文日程表
- 多組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫(kù);
- 多組學(xué)分析常用軟件和工具;
- 教授對(duì)應(yīng)的圖片制作方法(包含但不限于聚類熱圖、火山圖、富集分析圖、Venn圖、pathwaymap)
【會(huì)議預(yù)期】
通過三天的學(xué)習(xí),了解多組學(xué)整合分析思路對(duì)項(xiàng)目及文章的幫助,以及實(shí)操常見的數(shù)據(jù)庫(kù)、在線工具和本地軟件。使得學(xué)員可以自己完成一個(gè)完整的分析報(bào)告并獲得疾病相關(guān)的靶標(biāo)基因。
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上海遐錦生物科技有限公司于2019年11月29日舉辦全國(guó)循證醫(yī)學(xué)Meta分析與網(wǎng)狀Meta研討會(huì)2019(11月上海班)會(huì)議。
會(huì)議日程 (最終日程以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn))
日期 |
時(shí)間 |
大綱 |
詳細(xì)內(nèi)容 |
第一天 |
9:00-10:30 |
第1節(jié):組學(xué)簡(jiǎn)介及生信概述 |
2019年國(guó)自然中組學(xué)相關(guān)項(xiàng)目解讀 |
組學(xué)原始數(shù)據(jù)的來源及質(zhì)量判斷 |
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高通量:測(cè)序及芯片介紹——不同組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、順反組學(xué)、宏基因組學(xué)等。 |
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文獻(xiàn)案例解讀 |
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10:30-10:45 |
? |
? |
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10:45-12:00 |
第2節(jié):軟件安裝 R包安裝 |
R簡(jiǎn)介及R包安裝 R基礎(chǔ)講解 R函數(shù) R包 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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13:30-?14:30 |
第3節(jié):組學(xué)公共數(shù)據(jù)庫(kù) |
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù):最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(kù)(簡(jiǎn)介)及數(shù)據(jù)下載 |
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的高通量數(shù)據(jù)查找、篩選、數(shù)據(jù)下載 |
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EBI數(shù)據(jù)庫(kù)的高通量數(shù)據(jù)查找、篩選、數(shù)據(jù)下載 |
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GEO2R工具使用 |
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14:30-14:45 |
休息 |
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14:45-17:30 ? |
第4節(jié):轉(zhuǎn)錄組差異基因篩選及功能富集分析 |
計(jì)算差異基因 -R limma包 或Excel公式 |
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主成分分析(PCA)圖制作 |
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聚類熱圖(heatmap)的制作——R pheatmap包 |
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火山圖(volcanoPlot)——R ggplot2包 或 Excel制作 |
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箱式圖(代碼 或無代碼制作) |
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R clusterProfiler包富集分析 |
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基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 |
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功能富集分析 柱狀圖、條形圖、氣泡圖、餅狀圖的R代碼及Excel制作 |
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? |
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第二天 |
8:30-10:30 |
第5節(jié):多組學(xué)數(shù)據(jù)與臨床預(yù)后分析 |
基因突變分析工具——cbioportal |
在線預(yù)后分析工具——Ualcan |
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10:30-10:45 |
休息 |
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10:45-12:00 |
? |
本地生成KM曲線圖——R survival包 |
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相關(guān)性分析及散點(diǎn)圖制作 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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13:30-15:00 |
第6節(jié):轉(zhuǎn)錄組與蛋白組整合分析 |
Venn 圖制作 |
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蛋白與蛋白互作關(guān)系預(yù)測(cè)——STRING工具 |
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15:00-15:15 |
休息 |
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15:15-17:30 |
? |
網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建與美化——cytoscape軟件 |
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轉(zhuǎn)錄組與蛋白組整合關(guān)聯(lián)分析思路文章實(shí)現(xiàn) |
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? |
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第三天 |
8:30-10:00 |
第7節(jié):蛋白組與代謝組整合分析 |
代謝物功能富集分析——metaboanalyst工具 |
KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用 |
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pathway map制作 |
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蛋白組與代謝組整合分析思路文章實(shí)現(xiàn) |
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10:00-10:15 |
休息 |
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10:15-12:00 |
第8節(jié):全轉(zhuǎn)錄組整合分析 |
各類RNA簡(jiǎn)介及ceRNA介紹 |
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miRNA測(cè)序報(bào)告解讀 |
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circRNA測(cè)序報(bào)告解讀 |
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miRNA分析工具 |
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lncRNA分析工具 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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13:30-15:30 |
第9節(jié):其他組學(xué)整合思路 |
腸道菌群宏基因組與代謝組 |
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表觀組與轉(zhuǎn)錄組整合 |
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15:30-15:45 |
休息 |
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15:45-16:00 |
總結(jié) |
總結(jié)及答疑 |
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會(huì)議嘉賓 (最終出席嘉賓以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn))
【講師簡(jiǎn)介】
宋偉博士
成果:參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專利的撰寫和申請(qǐng);肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫(kù)的分析和構(gòu)建;完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無創(chuàng)唐篩流程的開發(fā)。
研究方向:有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn),擅長(zhǎng)方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等,精通perl、R等編程語(yǔ)言。
培訓(xùn)經(jīng)歷:在上海、北京、廣州、沈陽(yáng)、南京等城市舉辦過幾十場(chǎng)培訓(xùn)班。
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參會(huì)指南
會(huì)議門票 場(chǎng)館介紹
主辦方:上海遐錦生物科技有限公司
會(huì)議時(shí)間:2021年6月18-20日
會(huì)議地點(diǎn):線上:騰訊會(huì)議網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室
??????????線下:中興和泰酒店 上海市浦東新區(qū)科苑路866號(hào)
??????????酒店房間主辦方協(xié)議價(jià),豪華大床/豪華雙床 500元/天。高級(jí)雙床房,特價(jià)300元/天。
說明:研討會(huì)使用騰訊會(huì)議網(wǎng)絡(luò)會(huì)議室,需提前安裝好
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn):會(huì)務(wù)費(fèi):線上:3200元/人;線下:3700元/人
優(yōu)惠政策:
1.提前確認(rèn)報(bào)名及轉(zhuǎn)賬的,可以提前拿到學(xué)習(xí)材料
2.三人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠100元
3.四人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠200元,
4.六人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi),可免1人會(huì)務(wù)費(fèi)!
可以開正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票,紙質(zhì)邀請(qǐng)函(蓋紅章)。
注意事項(xiàng):必須攜帶win10以上系統(tǒng)的電腦,現(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio。
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溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動(dòng)延期或取消,建議“異地客戶”與活動(dòng)家客服確認(rèn)參會(huì)信息后,再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動(dòng)各項(xiàng)資源需提前采購(gòu),購(gòu)票后不支持退款,可以換人參加。
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該會(huì)議支持會(huì)員折扣
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會(huì)員返積分
每消費(fèi)1元累積1個(gè)會(huì)員積分。
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會(huì)員積分抵現(xiàn)
根據(jù)會(huì)員等級(jí)的不同,每抵用1元可使用的積分也不一樣,具體可參見PLUS會(huì)員頁(yè)面。 僅PC站支持。
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