時?間

授課方?式

課??程

主?要?內(nèi)??容

第

一

天

8:30~10:00

（2課時）

知識梳理

與經(jīng)驗分享

R語言與數(shù)據(jù)科學

n?R語言發(fā)展脈絡

n?R語言數(shù)據(jù)操作技巧

n?Linux服務器架構及基本操作

n?R 語言在linux服務器中的使用方法

n?R語言在生物信息學中的應用

10:10~11:40

（2課時）

講授

與實操相結合

R語言編程技巧數(shù)據(jù)操作

n?R與工作目錄?

(工作目錄，切換工作目錄)

n?R的數(shù)據(jù)類型及結構?(數(shù)值型、邏輯型、字符型、向量、列表、數(shù)據(jù)框、矩陣)

n?R中各數(shù)據(jù)類型的賦值與操作

(針對不同數(shù)據(jù)類型進行賦值、批量讀取數(shù)據(jù)、通過循環(huán)對數(shù)據(jù)進行計算、差異分析)

n?各種數(shù)據(jù)格式的讀寫及操作?(Excel、TXT、CSV、TSV)

14:00~15:30

（2課時）

講授

與實操相結合

R展示生物學數(shù)據(jù)

n?R統(tǒng)計方法概述

n?如何使SCI論文更具科學性

(Cover letter 如何寫作、摘要、Introduction、Results、Discussion如何寫作才可以使審稿人眼前?一亮)

n?基本繪圖命令概述

n?高級繪圖命令概述

15:40~17:10

（2課時）

講授

與實操相結合

n?基因組大小與基因含量的散點圖

n?繪制基因長度分布直方圖

n?繪制基因長度分布的頻率分布密度曲線

n?向圖中添加數(shù)學公式

第

二

天

8:30~10:00

（2課時）

講授

與實例相結合

統(tǒng)計編程R實現(xiàn)

n?相關性分析及共表達網(wǎng)絡構建

n?方差分析

n?回歸分析

n?多元線性回歸

n?Logistic回歸

n?Genome Research文章邏輯回歸實例操作

10:10~11:40

（2課時）

講授

與案例相結合

14:00~15:30

（2課時）

實例演示

與講解相結合

R語言在RNAseq分析中的應用

n?RNA-Seq前沿動態(tài)

n?RNA-Seq實驗設計?

n?非編碼RNA (lncRNA、miRNA) 分析手段、研究策略解析

n?RNA-Seq數(shù)據(jù)如何發(fā)表高分SCI論文

(講解如何從取樣、建庫、上機測序到數(shù)據(jù)如何分析，讓學員了解目前轉(zhuǎn)錄組學哪些內(nèi)容可以深度挖掘、哪些建庫方式對應哪些分析內(nèi)容、讓學員掌握如何根據(jù)自己的實驗目的選擇合適的建庫方式和分析手段)

15:40~17:10

（2課時）

講授

與課堂練習

第

三

天

8:30~10:00

（2課時）

知識點梳理與實操相結合

數(shù)據(jù)可視化R實現(xiàn)

n?R繪圖的實例演示

n?演示中涉及的各種繪圖功能的講解與R實現(xiàn)，包括：繪圖區(qū)域分割、二維圖形、交互繪圖

n?數(shù)據(jù)繪圖強化武器

1.?采樣點地圖、熱力圖、氣泡圖

2.?維恩圖、PCA圖、關聯(lián)分析曼哈頓圖

3.?小提琴圖、盒型圖、餅圖

n?多種作圖方式結合

(綜合利用R、PPT等繪圖工具拼接完成論文圖片)

n?高分辨率SCI論文圖片生成

(綜合利用AI、pdfviewer生成高質(zhì)量論文圖片)

10:10~11:40

（2課時）

案例講解與實操相結合

14:00~15:30

（2課時）

講授

與實操相結合

R語言二代測序數(shù)據(jù)深度挖掘

n?數(shù)據(jù)重復性評估

(如何在文中體現(xiàn)出不同重復的RNA-SEQ結果、Realtime PCR結果與RNA-SEQ結果如何對用)

n?基因共表達網(wǎng)絡構建與Cytoscape展示

n?多組數(shù)據(jù)表達趨勢聚類及深度解析策略

(轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)泛濫的時代，如何才能找到數(shù)據(jù)中的亮點，如何深度挖掘數(shù)據(jù)中隱藏的創(chuàng)新點，讓學員掌握幾種深度解析組學數(shù)據(jù)的方法)

15:40~17:10

（2課時）

講授

與實操相結合

R語言在其他生物數(shù)據(jù)分析中的案例

n?WGCNA方法尋找表型關聯(lián)基因模塊

?n?自帶組學分析項目交流及解答